NCPCR ने मदरसों में गैर-मुस्लिमों के दाखिले मामले पर जाँच के आदेश दिए थे। लेकिन फैलाया ये गया कि जाँच के आदेश देकर अल्पसंख्यकों के स्कूलों को टारगेट किया जा रहा है।
उत्तराखंड में वक्फ बोर्ड के तहत आने वाले मदरसों में मॉर्डन शिक्षा मुहैया कराने के फैसले पर चेताया है। कहा है कि सरकार को प्राइवेट मदरसों में कुछ न करने देंगे।