मदरसे इस्लामी शिक्षा के प्रमुख केंद्र लेकिन वहाँ की गतिविधियों और शिक्षा के स्तर, और फर्ज़ीवाड़े पर बहुत कम बात होती है। हालाँकि, मदरसों के फर्जीवाड़े पर कई बार जाँच हुई। लेकिन जाँच रिपोर्ट पर आज तक कार्रवाई शून्य है।
अमर उजाला की रिपोर्ट के अनुसार, उत्तर प्रदेश के मेरठ में एक बार फिर, चार माह पहले जिलाधिकारी के आदेश पर कई मदरसों की जाँच हुई, जिसमें कुछ मदरसों में पता चला कि उनके यहाँ जिस विषय को पढ़ाने के लिए शिक्षक नियुक्त हैं, उसकी शैक्षणिक योग्यता उस विषय की न होकर दूसरे विषय की है। इन अयोग्य शिक्षकों के नाम पर मदरसा संचालक सरकार से मानदेय भी वसूल रहे हैं। लेकिन विभाग ने जाँच रिपोर्ट आने के बाद भी आज तक कार्रवाई नहीं की है।
मदरसा आधुनिकीकरण योजना के तहत स्नातक योग्यता वाले शिक्षक को 8 हजार रुपए और स्नातकोत्तर योग्यता वाले शिक्षक को 15 हजार रुपए प्रति माह मानदेय मिलता है। ये सभी मदरसा संचालक विषय से विपरीत योग्यता के शिक्षक नियुक्त कर सरकार से मानदेय ले रहे हैं। यह सभी जाँच रिपोर्ट अल्पसंख्यक कल्याण विभाग में जा चुकी है। लेकिन आज तक भी इन पर कोई कार्रवाई नहीं हुई।
जिलाधिकारी अनिल ढींगरा ने डायट प्राचार्य छोटा मवाना मेरठ को छह मदरसों की जाँच सौंपी थी। पाँच मदरसों की जाँच में जिला प्रोबेशन अधिकारी को शिक्षक नियुक्ति में बड़ा खेल नज़र आया।
मदरसा इरफानउल उलूम अमरौली में दो शिक्षकों की नियुक्ति दर्शायी है। एक शिक्षक बीए अर्थशास्त्र, राजनीति शास्त्र और हिंदी विषय में है, लेकिन उन्हें गणित विषय पढ़ाने के लिए नियुक्त किया है। एक शिक्षिका बीए समाजशास्त्र, राजनीति शास्त्र और उर्दू के साथ एमए उर्दू है, लेकिन उन्हें अंग्रेजी विषय पढ़ाने के लिए नियुक्त किया है।
इसी तरह मदरसा फैज-ए-आम नंगला हरेरू में विज्ञान विषय के लिए नियुक्त शिक्षक की योग्यता बीए हिंदी, अंग्रेजी और राजनीति शास्त्र है। गणित के शिक्षक की योग्यता बीए अंग्रेजी, समाजशास्त्र और शिक्षा है। मदरसा फैजुल इस्लाम मवाना खुर्द में हिंदी के शिक्षक की योग्यता एमए इतिहास है।
अंग्रेजी विषय के शिक्षक की योग्यता बीए समाजशास्त्र, उर्दू व राजनीति शास्त्र है। मदरसा हुसैनिया नंगला ऐजदी में शिक्षक एमए राजनीति शास्त्र में है और हिंदी विषय के लिए नियुक्त है। सामाजिक अध्ययन की शिक्षिका की योग्यता एमए उर्दू है तो अंग्रेजी विषय की शिक्षिका की योग्यता एमए हिंदी है।
मदरसा हमीदियाँ महलका में विज्ञान के शिक्षक की योग्यता एमए बीएड है। मदरसा मेहमूदियाँ में गणित के शिक्षक की योग्यता एमए बीएड है। मदरसा हुसैनिया इस्लामिया अरबिया कैली में भी गणित के शिक्षक एमए है तो मदरसा हाफिज सदररुद्दीन रूहासा गणित के शिक्षक ही हिंदी पढ़ा रहे हैं। मदरसा अरबिया रसीदुल कुरआन सरधना में अँग्रेजी के शिक्षकों की योग्यता एमकॉम है।