जब सिस्टर लूसी कलपुरा ने छह अन्य ननों के साथ मुलक्कल का विरोध शुरू किया तो कैथोलिक क्रिश्चन सोसायटी फ्रासिस्कन क्लेरिस्ट कॉन्ग्रिगेशन ने नियमों का हवाला देकर उनकी आवाज़ दबाने की कोशिश की। उनलोगों को चर्च की गतिविधियों से दूर कर दिया।
मुंबई पुलिस द्वारा दर्ज की गई FIR के अनुसार, महिला ने दावा किया कि बिनॉय ने उससे शादी करने का वादा किया था, लेकिन सालों बाद उसे पता चला कि वह पहले से ही शादीशुदा है। महिला ने दावा किया कि मिस्टर बिनॉय और उनका एक 8 साल का बेटा है।
जालंधर के बिशप फ्रैंको मुलक्कल पर 2014 में कुराविलंगड के एक गेस्टहाउस में और बाद में कई अवसरों पर केरल के एक 44 वर्षीय नन के बलात्कार करने के आरोप हैं।