NCPCR ने मदरसों में गैर-मुस्लिमों के दाखिले मामले पर जाँच के आदेश दिए थे। लेकिन फैलाया ये गया कि जाँच के आदेश देकर अल्पसंख्यकों के स्कूलों को टारगेट किया जा रहा है।
मध्य प्रदेश के शिशु गृह में हिंदू बच्चों के इस्लामी धर्मांतरण के बाद अब राज्य में चल रहे ईसाई मिशनरी के हॉस्टल से भी इसी तरह का मामला सामने आया है। यह हॉस्टल दमोह में चल रहा है।