1989 में पहली बार उग्र इस्लामिक कट्टरपंथियों की भीड़ ने मंदिर पर हमला बोला था। इसके बाद 24 फरवरी 1990, 13 अप्रैल 1991 और फिर 8 मई 1992 को इस मंदिर पर हमले हुए।
VHP के एक प्रतिनिधिमंडल ने पाकिस्तानी उच्चायुक्त को सौंपे ज्ञापन में मुल्तान में मिली देवी-देवताओं की स्वर्ण मूर्तियॉं भारत को सौंपने का अनुरोध किया है।
कथित रूप से मंदिर में यीशु और मैरी की तस्वीर लगाने और उनकी पूजा करने के लिए अंजनेय स्वामी मंदिर के पुजारी पर दबाव बनाया गया है। जबकि अब नई सूचनाओं के आलोक में यह दावा गलत साबित हुआ है।