अधिकतर मदरसा संचालकों ने जकात को ही अपनी आय का प्रमुख स्रोत बताया था। बांग्लादेश, नेपाल और अरब से आ रही फंडिंग। अधिकतर मदरसों ने जकात को बताया आय का स्रोत।
अतीक अहमद और उसके भाई अशरफ से जुड़ा एक चर्चित मामला 2007 का है। इसे मदरसा गैंगरेप कांड के नाम से भी जानते हैं। दो लड़कियों को उठाकर रात भर 5 लोगों ने रेप किया था।